第1集：【第一集】

1996年，两名海军人员在弗吉尼亚海滩的一间公寓被杀。受害者伊莉斯·马克德西和昆西·布朗是奥西阿纳海军航空站的同事。马克德西的丈夫埃迪（Eddie）说，这对夫妇刚吃完晚饭回家，就被布朗搭讪。埃迪·马克德西说布朗性侵并刺伤了伊莉斯。艾迪告诉警察，他能够拿起一把枪射杀布朗，但已经来不及救他的妻子了。因为有两名水手被谋杀，海军罪案调查处当晚就被叫到犯罪现场。现在已经死了不止一个，而是两个，特工们不会休息，直到这个案件的核心谜团被解开。《海军罪案调查处》用了10年的时间来讲述这个横跨两大洲的曲折故事，直到得出令人震惊的结论。

第2集：【集2】

这位CBS电视剧《海军罪案调查处：新奥尔良》（NCIS： New Orleans）的灵感来源，带着观众走进他在圣地亚哥的现实生活，穿越全国寻找谋杀一名女子的凶手。

第3集：【第三集】

2001年6月，海军上士莉娅·安妮·布朗（Lea Anne Brown）和她的朋友、银行职员迈克尔·帕滕（Michael Patten）的尸体在马里兰州阿科奇克（Accokeek）一条乡村公路旁的树林里被发现。两人头部中了两枪。他们似乎是有针对性的谋杀，但为什么呢？两人都与任何犯罪活动没有任何联系，也没有其他任何迹象表明他们是这种恶性犯罪的明显目标。

第4集：【第4集】

一名试图出售机密的海军承包商，两名窃取了22万份美国军方个人记录的黑客，以及17名在科尔号航空母舰上的恐怖袭击中丧生的水兵。海军罪案调查处的探员们畅谈他们的情绪、恐惧、挫折以及在解决具有国内和国际影响的调查中取得的成功——这些案件是他们无法忘记的。

第5集：【集5】

1989年，安妮·塔汉消失得无影无踪。她留下了一个刚出生的女儿和她的男朋友，上士迈克尔·帕兰，他告诉警方她抛弃了他。在她失踪四年后，由于没有什么线索，南卡罗来纳州查尔斯顿当局向海军罪案调查处寻求帮助。海军罪案调查处退休特工皮特·休斯说：“迈克尔·帕兰当时是一名现役水手，我们有义务查明真相。”帕兰和塔汉的失踪有关吗？这将需要多年具有挑战性的调查工作、多机构合作、监视和诱捕行动才能得到答案。此外，他们还在调查自己人，这使得案件更加困难。

第6集：【第六集】

当对一名被谋杀的海军士官的调查将近二十年没有解决时，一名海军罪案调查处特工卧底，对嫌疑人进行调查